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胶囊内镜检查的主要并发症包括胶囊滞留和胶囊嵌顿。
胶囊滞留是最主要的并发症，它通常发生在肠道狭窄近端或巨大憩室内，并且如果滞留的胶囊无法自然排出，可能需要通过手术取出。但这种情况的发生率不到1%。
胶囊嵌顿通常发生在消化道狭窄近端处，有时也会停留在憩室内。大部分情况下，胶囊内镜最终可以勉强通过狭窄段，但有时需要进行外科手术来取出胶囊内镜。胶囊内镜滞留率约为5%，需要外科手术的情况不到1%。
除此之外，极罕见的情况包括胶囊破裂后电池对胃肠道造成的毒性和腐蚀性，以及胶囊内镜滞留或穿孔导致腹腔感染的情况。
在极少数情况下，胶囊内镜通过消化道时可能会引起不全性肠梗阻，这可能是由于胶囊内镜在狭窄或病变区域被卡住而导致的。
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